市人大副主任张河洁在审议中“应对填湖行为不留余地，不搞弹性，不开口子。”她建议定下硬性规定：湖泊周边一定范围，不允许搞任何开发、不许兴建任何建筑。湖泊是武汉不可再生的“宝贝”，对它的保护一定要严上加严。
修订草案将原来针对违法填湖和环湖违建者1万元至5万元的处罚标准翻了10倍，最高达到50万元。程一方委员提出，填湖处罚虽有提高，但对湖泊危害巨大的违法排污却未得到同样重视。他认为，对违法排污也应大幅提高处罚标准，以达到震慑效果。
审议中，市人大城环委认为，要将条例的保护范围扩大，不仅要保护166个湖，湖边的塘、堰、湖汊也都不能“动”。同时还应对湖泊周围的所有湖边塘、堰、湖汊等水体进行保护，任何单位与个人都不得擅自侵占、填压。建议在条例中明确。
审议中，李长安委员认为现在湖泊岸线保护存在误区。他建议，湖泊岸线原有生态对保护湖泊水质、湿地生态多样性都很有意义，湖泊保护应该尊重原生态，避免隔绝水体、陆地生态系统的做法。
审议中，不少常委提出，除了激发市民保护湖泊热情，条例还应明确规定，对于市民对填湖、偷排的举报，湖泊管理责任部门必须限时到达查处，并公开查处结果。同时，应建立湖泊状况定期公开制度，定期将湖泊面积、水质等动态变化向公众公开，供公众监督。